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國家衛健委組織專家研究發現，在部分省份報告的確診病例中，糞便標本檢測到新冠病毒核酸陽性。這意味著新冠肺炎存在“糞口傳播”的可能性。切斷糞口傳播的一個重要方法，就是對疫情醫療污水和城鎮污水進行安全處置。
中國疾病預防控制中心研究員馮錄召表示，所謂“糞口傳播”，指的是被患者糞便等污染的食品、水，進入人體消化道而造成感染。“病從口入”就是糞口傳播的通俗說法。會糞口傳播的傳染病并不少見，比如手足口病、霍亂等。盡管從目前情況看，新冠病毒的主要傳播途徑是經過呼吸道飛沫傳播、接觸傳播，還不能確定能否通過進食被病毒污染的食物或水，引起感染或傳播，但是當前防控工作已經充分考慮了糞口傳播途徑的風險。
以備受矚目的武漢火神山醫院和雷神山醫院為例，兩家醫院都會對污水進行嚴格的兩次消毒處理。為了避免污水暴露在空氣中，醫院會第一時間將污水收集到密閉儲罐，然后進行二級強化消毒、二級生化處理等工藝處理，達標后再排入市政管網。為了以防萬一，火神山醫院還配備了“一用一備”兩組污水處理系統。如果一組系統發生故障或進行檢修，仍有一組系統可用，從而實現雙保險。
此外，在疫情較輕的行政區域內，醫療機構、接納醫療污水的城鎮污水處理機構也提前做好了應對準備。
例如，疫情相對較輕的貴州省，據貴州省環境應急專家胡文研究員介紹，用于集中救治確診病人的貴陽市公共衛生救治中心將軍山院區，“廢水從排出到處理合格，要經過預消毒、化糞池、調節池等7道嚴格的工序，經系統檢測合格后才能排出。并在污水處理站前面增加了預消毒，后面加了次氯酸鈉消毒，最后又加上紫外線消毒環節。在次氯酸鈉消毒池內，設計的停留時間是3.5個小時，比平時增加了一倍還多。為的就是確保殺死細菌和病毒后才能排放。”
與城市相比，農村的環保基礎設施較為薄弱。全國人大農業與農村委員會委員魏后凱表示，現在接近80%的村莊沒有對生活污水進行任何處理，這些年來加大了農村改廁的力度，農村廁所的改造推進很快，但是污水處理沒有跟上。
生態環境部日前發布的《關于做好新型冠狀病毒感染的肺炎疫情醫療污水和城鎮污水監管工作的通知》要求，加大農村醫療污水處置的監管力度、禁止醫療污水進入農田灌溉渠道、防范醫療污水污染飲用水源、加大重點場所監督檢查力度、做好信息發布共享。
中華預防醫學農村飲水與環境衛生專業委員會研究員張琦表示，目前要嚴防疫情從城市向農村蔓延。由于農村居民缺乏相關衛生知識、個人衛生行為不足等原因，農村地區的病毒“糞口傳播”風險比城市高。對于農村社區小型污水處理設施、鄉鎮衛生院和村衛生室等特定對象、場所需要采取適宜的消毒和衛生管理措施。
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